Múzeum je pracoviskom so systematickou múzejnou činnosťou v oblasti vedeckovýskumnej, zbierkotvornej, dokumentačnej, edičnej, prezentačnej, metodickej i kultúrno-spoločenskej.
V súčasnosti Záhorské múzeum na základe štatútu účinkuje ako regionálna inštitúcia s pôsobnosťou pre oblasť Záhoria. Je dobudovaným a stabilizovaným pracoviskom so systematickou vedeckovýskumnou, akvizičnou, edičnou, dokumentačnou, prezentačnou, metodickou, kultúrnospoločenskou a výchovno-vzdelávacou činnosťou. Má stabilizovaný tím pracovníkov a dobrovoľných spolupracovníkov, rozšírila sa sieť kontaktov s inštitúciami, orgánmi štátnej správy a samosprávy, školami a firmami, výrazne zefektívňujúca činnosť múzea.
Zabezpečuje komplexnú múzejnú dokumentáciu v okresoch Skalica, Senica a dokumentáciu etnických a kultúrnych vzťahov Záhoria so susednými regiónmi na celom jeho historickom území.
Okrem domácich, regionálnych, ako i celoštátnych kultúrnych inštitúcií spolupracuje i so zahraničnými múzeami susednej Moravy a Rakúska. Spomedzi nich osobité vzťahy má Záhorské múzeum s múzeom v Hohenau an der March, s ktorým v roku 2005 nadviazalo i oficiálne partnerské styky.
V súčasnosti Záhorské múzeum na základe štatútu účinkuje ako regionálna inštitúcia s pôsobnosťou pre oblasť Záhoria. Je dobudovaným a stabilizovaným pracoviskom so systematickou vedeckovýskumnou, akvizičnou, edičnou, dokumentačnou, prezentačnou, metodickou, kultúrnospoločenskou a výchovno-vzdelávacou činnosťou. Má stabilizovaný tím pracovníkov a dobrovoľných spolupracovníkov, rozšírila sa sieť kontaktov s inštitúciami, orgánmi štátnej správy a samosprávy, školami a firmami, výrazne zefektívňujúca činnosť múzea.
Zabezpečuje komplexnú múzejnú dokumentáciu v okresoch Skalica, Senica a dokumentáciu etnických a kultúrnych vzťahov Záhoria so susednými regiónmi na celom jeho historickom území.
Okrem domácich, regionálnych, ako i celoštátnych kultúrnych inštitúcií spolupracuje i so zahraničnými múzeami susednej Moravy a Rakúska. Spomedzi nich osobité vzťahy má Záhorské múzeum s múzeom v Hohenau an der March, s ktorým v roku 2005 nadviazalo i oficiálne partnerské styky.
Prehľad činnosti múzea za jednotlivé roky nájdete vo výročných správach: Výročné správy múzeí SR, Slovenské národné múzeum.